Fauna-Flora-Habitat-Gebiet

Bereits in den Jahren 2016 und 2017 wurden Artenschutzmaßnahmen durchgeführt. So wurden die Maßnahmen "Gübser Damm" und "Gübser Weg" zum Schutz vom Neuntöter im April 2016 umgesetzt, im November 2016 "Am Mühlberg". Zum Schutz der Zauneidechsen wurde die Maßnahme "Steinwiese" zur Umsiedlung realisiert. Die Wirksamkeit der Umsetzung wird durch ein Monitoring über fünf Jahre mit sechs Begehungen pro Jahr kontrolliert.

Zum Ausgleich der im Rahmen der Baumaßnahme notwendigen Eingriffe in die Natur sind zahlreiche Ausgleichs- und Ersatzmaßnahmen festgelegt. Im Einzelnen können diese dem Planfeststellungsbeschluss entnommen werden. Darunter ist z. B. die Optimierung des bestehenden Fledermausquartiers in der Wasserzisterne Turmpark. Das Winterquartier in der Zitadelle ist durch die Baumaßnahme verlustig. Im Zuge der Rodungsmaßnahmen wurden unter anderem die einheimischen Zauneidechsen umgesiedelt. Weitere festgelegte Ausgleichsmaßnahmen betreffen das Nachpflanzen gefälllter Bäume an geeigneter Stelle, den Rückbau versiegelter Flächen oder die Ansaat von Landschaftsrasen. Als Ersatzmaßnahme gilt die Revitalisierung der Prester Seen. In der Zeit von September bis Dezember 2019 wurde zudem die erste Ausgleichsmaßnahme in Pechau hergestellt. Dort wurde das Grundstück einer ehemaligen LPG-Anlage entsiegelt und anschließend renaturiert.

Das FFH-Gebiet erstreckt sich mit einer Flächengröße von 6.589 ha von der Saalemündung südlich Barby bis nördlich des Mittellandkanals bei Hohenwarthe. Das Gebiet umfasst ein weit verzweigtes Gewässersystem, welches neben der Elbe weitere, mit dieser in räumlichenund funktionalen Zusammenhang stehende Fließgewässer (z. B. Ehle, Nuthe, Umflut- und Ehlekanal), alte Wasserläufe der Elbe (Alte Elbe Magdeburg, Alte Elbe zwischen Dornburg und Pechau) sowie große Teile des  Überschwemmungsgebietes mit Auwäldern, Grünlandkomplexen und Altwässern einschließt.